{"id":1747,"date":"2018-03-02T10:18:18","date_gmt":"2018-03-02T09:18:18","guid":{"rendered":"http:\/\/www.datascience.rs\/?p=1747"},"modified":"2018-03-02T10:18:18","modified_gmt":"2018-03-02T09:18:18","slug":"belgrader-meetup-9-bioinformaticki-alati-za-eqtl-analizu","status":"publish","type":"post","link":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/2018\/03\/02\/belgrader-meetup-9-bioinformaticki-alati-za-eqtl-analizu\/","title":{"rendered":"BelgradeR Meetup #9 &#8211; Bioinformati\u010dki alati za eQTL analizu"},"content":{"rendered":"<p>Na prvom BelgradeR meetup u 2018. godini \u0107emo opet pri\u010dati na temu bioinformatike. Svoje znanje i interesovanja \u0107e nam preneti Igor Hut.<!--more--><\/p>\n<h3>eQTL analiza<\/h3>\n<p>QTLs (eng. Quantitative Trait Loci) su lokacije u genomu koje sadr\u017ee kodiraju\u0107e gene za odredjene fenotipske osobine koje se mogu kvantifikovati (eng. quantitative traits). Primeri ovakvih osobina su visina ili stepen pigmentacije ko\u017ee. QTL analiza nam omogu\u0107ava da odredimo na koje se lokacije u genomu mapiraju odre\u0111ene fenotipske osobine, odn. koji to geni uti\u010du na stepen ekspresije ovih osobina.<\/p>\n<p>Poseban tip QTL analize je eQTL (skr. od eng. expression Quantitative Trait Loci) analiza.\u00a0eQTL omogu\u0107ava da odredimo kako dati genotip (konkretna varijanta DNA) uti\u010de na ekspresiju odre\u0111enog gena u kontekstu njegove transkripcije, tj. da li odre\u0111eni genotip poja\u010dava ili prigu\u0161uje transkripciju, odnosno prevo\u0111enje u mRNA, tog gena. eQTL analiza je od velike pomo\u0107i u poku\u0161ajima da odredimo genetsku uslovljenost pojave i razvoja odre\u0111enih bolesti, kao \u0161to je npr. kancer. Ovakva analiza uklju\u010duje primenu razli\u010ditih statisti\u010dih, grafi\u010dkih i specifi\u010dnih bioinformati\u010dkih metoda.<\/p>\n<p>U okviru predavanja pro\u0107i \u0107emo kroz kratak uvod i upoznavanje sa bazi\u010dnim pojmovima i teorijskim osnovama, neophodnim za razumevanje sprovo\u0111enja same analize. Nakon toga \u0107emo se zabaviti sa primenom konkretnih bioinformati\u010dkih alata.\u00a0Bi\u0107e pokazana\u00a0primena Matrix eQTL R paketa za eQTL analizu,\u00a0kao i Shiny aplikacija zasnovane na ovom paketu.<\/p>\n<h3>O predava\u010du<\/h3>\n<p><a href=\"https:\/\/www.linkedin.com\/in\/igor-hut\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Igor Hut<\/a> radi kao bioinformati\u010dki analiti\u010dar u kompaniji Seven Bridges Genomics. Pored toga je zaposlen i anga\u017eovan u Inovacionom Centru Ma\u0161inskog fakulteta u Beogradu, a pride je suvlasnik kompanije brainshuttle, koja se bavi produkcijom e-learning sadr\u017eaja. Ve\u0107 dugi niz godina u\u010destvuje u nastavi na modulu za Biomedicinsko in\u017eenjerstovo na Ma\u0161inskom fakultetu. Bavi se i razvojem algoritama ma\u0161inskog u\u010denja za ranu dijagnostiku odre\u0111enih tipova kancera na osnovu digitalne fotografije, a pre toga je radio na istra\u017eivanjima vezanim za primenu nanotehnologija u biomedicini.<\/p>\n<h3>Gde i kad?<\/h3>\n<p>BelgradeR meetup posve\u0107en eQTL analizi \u0107e se odr\u017eati 7. marta u 18 \u010dasova u ICT Hub Playground-u, Kralja Milana 10. Ulaz je slobodan, ali je potrebno da <a href=\"https:\/\/www.meetup.com\/BelgradeR\/events\/248331926\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">potvrdite svoje prisustvo<\/a>.<\/p>\n<!--themify_builder_content-->\n<div id=\"themify_builder_content-1747\" data-postid=\"1747\" class=\"themify_builder_content themify_builder_content-1747 themify_builder tf_clear\">\n    <\/div>\n<!--\/themify_builder_content-->\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Na prvom BelgradeR meetup u 2018. godini \u0107emo opet pri\u010dati na temu bioinformatike. Svoje znanje i interesovanja \u0107e nam preneti Igor Hut.<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":1748,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":[],"categories":[25],"tags":[50,55,73,106],"_links":{"self":[{"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1747"}],"collection":[{"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1747"}],"version-history":[{"count":0,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1747\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/media\/1748"}],"wp:attachment":[{"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1747"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1747"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1747"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}