{"id":1433,"date":"2017-02-21T10:01:35","date_gmt":"2017-02-21T09:01:35","guid":{"rendered":"http:\/\/www.datascience.rs\/?p=1433"},"modified":"2017-02-21T10:01:35","modified_gmt":"2017-02-21T09:01:35","slug":"vizuelizacija-genomskih-podataka-belgrader","status":"publish","type":"post","link":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/2017\/02\/21\/vizuelizacija-genomskih-podataka-belgrader\/","title":{"rendered":"Vizuelizacija genomskih podataka na BelgradeR meetupu"},"content":{"rendered":"

Vizuelizacija genomskih podataka\u00a0uz pomo\u0107 t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) metode bi\u0107e tema novog BelgradeR meetupa koji se odr\u017eava 28. februara.<\/p>\n

<\/p>\n

Vizuelizacija genomskih podataka<\/h3>\n

Tehnolo\u0161ki napredak u oblasti sekvenciranja ljudskog genoma omogu\u0107ava nam da kvantifikujemo mnoge \u0107elijske procese brzo, jeftino i sa velikom precizno\u0161\u0107u. Na primeru procesa transkripcije posti\u017ee se rezolucija do nivoa pojedinog gena (~ 20.000) svake pojedina\u010dne \u0107elije u nekoj studiji. Izazov tuma\u010denja ovako dobijenih i izvedenih podataka se u nekim slu\u010dajevima uspe\u0161no mo\u017ee re\u0161iti t-SNE pristupom.<\/p>\n

\"Vizuelizacija<\/a>
Vizuelizacija genomskih podataka uz pomo\u0107 t-SNE<\/figcaption><\/figure>\n

t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding<\/h3>\n

Za t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE)<\/a> se prvi put \u010dulo 2008. godine kada su Lorens van der Marten i D\u017eefri Hinton predstavili tehniku u \u010dasopisu\u00a0Journal of Machine Learning Research<\/em>.\u00a0Ova tehnika ma\u0161inskog u\u010denja se koristi za redukciju dimenzionalnosti podataka,\u00a0a vizuelizacija genomskih podataka\u00a0je samo jedna od mogu\u0107ih primena.<\/p>\n

U R okru\u017eenju t-SNE je zastupljen sa nekoliko\u00a0implementacija, a sama tehnika je centralna i nekim R\/Bioconductor paketima. Pored R-a, t-SNE je prisutan\u00a0u maltene svim relevantnim programskim jezicima. Kao najbr\u017ea se pokazala\u00a0Barnes-Hut t-SNE<\/a> implementacija koja je dostupna za R, Python, C++ i Matlab.<\/p>\n

Akcenat predavanja \u0107e biti na samoj\u00a0metodi i njenoj upotrebi kori\u0161\u0107enjem programskog jezika R, a tokom kratkog uvoda \u0107e biti obja\u0161njeni neophodni bioinformati\u010dki pojmovi.<\/p>\n

Gde i kad?<\/h3>\n

BelgradeR meetup posve\u0107en vizuelizaciji genomskih podataka se odr\u017eava u utorak 28. februara u 18:15. Ovog puta \u0107emo se dru\u017eiti u prostorijama kompanije Seven Bridges, ulica Omladinskih brigada 90g.<\/p>\n

Broj mesta je ograni\u010den na 150. Da biste obezbedili u\u010de\u0161\u0107e,\u00a0posetite stranicu BelgradeR Meetup grupe<\/a>\u00a0i prijavite se.<\/p>\n

Predava\u010d \u0107e biti Du\u0161an Ran\u0111elovi\u0107, astrofizi\u010dar koji je postao bioinformati\u010dar i vo\u0111a jednog od bioinformati\u010dkih timova u kompaniji Seven Bridges. Du\u0161an je R developer, Python korisnik i nekada\u0161nji fan Ruby-ja. Radio je web, mobile i neke IoT projekte: kao preduzetnik, developer i IT arhitekta.<\/p>\n\n

\n <\/div>\n\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Vizuelizacija genomskih podataka\u00a0uz pomo\u0107 t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) metode bi\u0107e tema novog BelgradeR meetupa koji se odr\u017eava 28. februara.<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":[],"categories":[25],"tags":[50,55,106,152],"_links":{"self":[{"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1433"}],"collection":[{"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1433"}],"version-history":[{"count":0,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1433\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1433"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1433"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"http:\/\/imuno-srbija.com\/data-science\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1433"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}